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背景知识：肺炎克雷伯菌(Klebsiellapneumoniae)属于肠杆菌科，其中包括沙门氏菌属（Salmonella）和埃希氏菌属（Escherichia）。肺炎克雷伯菌是世界上最常见的医院病原体之一，也是新生儿败血症的主要原因。世界卫生组织认识到产生广谱β-内酰胺（ESBL）和耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKp）是一种严重的公共卫生威胁。据报道唯那生物 2023-01-06 15:17:15 4588 点赞 收藏
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1、NCBI蛋白数据库变更自2025年8月起，ClusteredNR将取代传统的标准NR数据库，成为蛋白质BLAST搜索的默认数据库。这一变更旨在提升搜索效率和结果质量。当然，传统的NR数据库仍可通过手动选择继续使用。2、ClusteredNR的优势更快的搜索速度：通过聚类减少数据量，加速分析流程。减少冗余结果：每个聚类仅保留代表性序列（基看不见的线 2025-06-16 08:46:55 77 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何设置比对结果输出为outfmt6时指定输出特定数据。#指定输出指定内容#-outfmt"6qseqidsseqidpidentevaluebitscoreqseqsseq"#指定输出格式为6，结果中从前到后分别为指定内容：qse看不见的线 2025-06-13 08:55:26 117 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在表格中完成，添加表头、过滤identity值、保留唯一匹配等，以outfmt6默认输出结果为例。1.添加表头#创建一个包含指定字段的表头文件header.txtecho-e"Query_ID\tRefer_ID\tIde看不见的线 2025-06-11 08:51:13 134 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。比对结果通过outfmt参数指定输出格式，官方提供的输出格式是19种，值分别是0-18，以下是具体的介绍。outfmt0软件默认的输出格式，与网页版展示的比对结果类似。包括比对统计结果、比对序看不见的线 2025-06-09 15:24:59 191 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在本地使用BLAST工具进行核酸或蛋白序列比对。一、常用BLAST子模块简介子模块名称查询序列类型数据库序列类型比对级别类型blastn核酸核酸核酸blastp蛋白蛋白蛋白blastx核酸蛋白看不见的线 2025-06-06 08:57:25 224 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在Linux系统中安装和使用BLAST的完整步骤。①下载BLAST安装包wgethttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.15.0+-x64-linux.tar.gz②解压看不见的线 2025-06-04 15:48:38 239 点赞 收藏
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BLAST（BasicLocalAlignmentSearchTool）是一款由NCBI（美国国家生物技术信息中心）提供的生物信息学工具，用于比较基因或蛋白质序列。以下是如何在Windows系统中安装和使用BLAST的完整步骤。①下载BLAST安装包访问NCBI的BLAST页面（https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/）；选择合适的版本，点看不见的线 2025-05-30 09:28:12 316 点赞 收藏
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文章题目：Spreadofantibioticresistancegenesindrinkingwaterreservoirs:Insightsfromadeepmetagenomicstudyusingacurateddatabase文章链接：DOI:10.1016/j.watres.2024.121572发表时间：2024-06-01期刊：WaterResearch影响因子：12.8研究背景抗生素耐药基因是微生物在长期使用抗生素后形成的一种防御机制，它们能够赋予微看不见的线 2025-05-28 16:53:38 415 点赞 收藏
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Xftp是由NetSarang开发的一款轻量级的SFTP/FTP文件传输工具。它可以帮助用户在本地计算机和远程服务器之间通过安全的加密协议（如SFTP、FTP等）进行文件上传、下载和管理。可访问官网（https://www.xshell.com/zh/free-for-home-school/）下载xftp安装包，此处可同时下载xshell用以通过命令行远程管理Linux服务器。Xftp的主看不见的线 2025-05-26 17:41:46 321 点赞 收藏
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SCP（SecureCopyProtocol）是一个基于SSH（SecureShell）的协议，用于在本地计算机和服务器之间安全地传输文件。SCP命令在数据传输过程中会加密数据，确保数据的安全性和完整性。在Linux系统中，SCP是一个常用的命令行工具，用于上传文件到服务器或从服务器下载文件。SCP命令的基本用法要使用SCP命令上传/下载文件到服务器看不见的线 2025-05-26 17:40:11 280 点赞 收藏
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什么是气泡图？气泡图（BubbleChart）是一种通过气泡的大小、颜色和位置来展示数据关系的图表形式。它通常用于显示三维或多维数据，除了传统的X轴和Y轴坐标外，气泡的大小和颜色可以代表数据的其他变量或特征。气泡图能够帮助分析者在有限的空间内同时展示多个变量之间的关系，并通过气泡的变化来呈现出复杂的数据结构。气看不见的线 2025-05-26 17:02:46 450 点赞 收藏
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课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操看不见的线 2025-05-14 08:25:30 457 点赞 收藏
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课程链接【课程】微生物分子分型-MLST【课程】cgMLST分析实战营：微生物分型技术进阶课看不见的线 2025-05-08 09:40:20 492 点赞 收藏
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课程链接【课程】微生物分子分型-MLST【课程】cgMLST分析实战营：微生物分型技术进阶课看不见的线 2025-05-06 09:04:59 449 点赞 收藏
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可用分析工具：PlasmidFinder（https://cge.food.dtu.dk/services/PlasmidFinder/）：依据质粒不相容性Reptyping（Inc）预测肠杆菌及部分革兰氏阳性菌的复制子（replicon）。pMLST（https://cge.food.dtu.dk/services/pMLST/）：预测IncF的亚型IncFIA、IncFIB、IncFIC、IncFII、IncFIIK、IncFIIS、IncFIIY及其亚等位基因编看不见的线 2025-04-30 10:17:36 609 点赞 收藏
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课程链接【课程】微生物菌群研究必修课：从深入理解到灵活应用【课程】细菌与真菌扩增子测序：零基础到高级分析的全流程实战看不见的线 2025-04-28 10:45:31 510 点赞 收藏
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课程链接【课程】微生物菌群研究必修课：从深入理解到灵活应用【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理看不见的线 2025-04-24 08:52:22 525 点赞 收藏
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引言进化树外周条带注释的样式调整（如边线与色块）可显著提升数据可视化效果。本文通过解析文献案例（示例一至示例四），系统阐述不同注释样式的实现方法，并揭晓其设计逻辑。文中所有示例均可基于iTOL工具，通过调整模板参数或网页界面操作完成。如何添加外周条带注释参见往期文章《iTOL的三种进化树注释方式》。一、边线看不见的线 2025-04-23 14:43:21 527 点赞 收藏
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核心术语•Phylogroup：系统发育群•L（Lineage）：谱系•SL（Sublineage）：亚谱系•Cluster：簇•Internationalclone（IC）：国际流行克隆•CC（clonalcomplex）：克隆复合体•CG（clonalgroup）：克隆群•CT（clonaltype）：克隆型•MLST（multilocussequencetyping）：多位点序列分型•cgMLST(coregenomemultilocussequ看不见的线 2025-04-22 09:48:11 553 点赞 收藏
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课程链接【课程】微生物基因组研究生信入门必修课【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操看不见的线 2025-04-18 10:00:43 624 点赞 收藏
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文章题目：InterplaybetweentheXerrecombinationsystemandthedisseminationofantibioresistanceinAcinetobacterbaumannii文章链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkae1255发表时间：2025.01期刊：NucleicAcidsResearch影响因子：16.6摘要抗生素耐药性感染是一项紧迫的临床挑战。已知质粒通过促进抗生素耐药基因在细菌间的水看不见的线 2025-04-16 09:05:17 875 点赞 收藏
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课程链接【课程】微生物基因组研究生信入门必修课【课程】微生物测序数据和基因组数据上传NCBI实操看不见的线 2025-04-15 08:32:26 616 点赞 收藏
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课程链接【课程】R语言入门与高通量测序数据实战处理【课程】R语言实战：ggplot2包及扩展包的使用实操看不见的线 2025-04-11 08:35:09 665 点赞 收藏
