fastq格式文件转换成fasta文件

• 看不见的线
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• 2025-07-02 10:40:40
• 原创

Seqkit2是 Seqkit的新版本，是一个专门用于处理和分析生物序列数据的软件工具。它支持多种序列数据格式，包括FASTA、FASTQ等，并提供了一系列有用的功能，如数据处理、过滤、统计、格式转换等，是生物信息学领域中常用的工具之一。以下是使用seqkit将fastq格式文件转换成fasta文件。

fq2fa子命令：将FASTQ转换为FASTA格式

此处将名为duplicated-reads.fq.gz的fq格式文件转换为fa格式文件

#查看duplicated-reads.fq.gz的前10行内容

zcat duplicated-reads.fq.gz | head -n 10

#将fastq格式文件转换成fasta文件

seqkit fq2fa duplicated-reads.fq.gz -o duplicated.fasta

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